Un jeune combattant du nom de Sei, doit aprendre les méthodes de cmbats des maîtres du Virtua Fighter et maîtriser plus de 45 mouvements en art martial. Ces habilités sont développées au long des différents niveaux de jeu en mettant à jour de mystérieux groupes de données, lesquels contiennent le tout puissant Virtua Souls. Alors qu'il explore et qu'il poursuit sa quête, Sei réalise qu'il est le seul à pouvoir décoder l'étonnant Virtua Souls ce qui attire l'attention d'un syndicat du crime du nom de Jugement 6. La force innée de Sei est mise à l'épreuve alors qu'il doit se battre pour échapper aux malotrus qui veulent l'utiliser pour anéantir les infrastructures de ce vaste monde virtuel.
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Virtua Quest is a 3D Action/RPG that features both core RPG elements (exploration, treasure gathering, and character development) and a strong fighting component. The player assumes the identity of a young boy named Sei (pronounced "Say"). As the player explores each stage, he/she will discover "Virtua Souls" - data clusters that contain information about the martial arts abilities of the legendary Virtua Fighter characters. These clusters give the player the ability to easily perform complex fighting moves. As the game's story progresses, Sei discovers that only he can unlock the potential of the Virtua Souls, and he subsequently gains the attention of an evil syndicate known as Judgment 6.
